杀死裴氏父子和一干隋室忠臣后，王世充依旧如鲠在喉。他认为，那些瓦岗降将、隋室旧臣，心心念念的事情，便是拥立皇泰主复位，正所谓“非我族类，其心必异”。如此看来，皇泰主杨侗就成了妨碍王世充皇位稳固的最大绊脚石。于是，王世充在哥哥齐王王世恽的建议下，委派侄子王仁则，谋杀了已经逊位的皇泰主，灭绝了隋王朝最后的血脉与希望。
从杀害独孤武都、独孤机兄弟，到族灭裴仁基、裴行俨父子，再到谋杀皇泰主。王世充的统治，一直伴随着一路腥风血雨而来，伴随着一路杀戮而来。一旦出现威胁统治的隐患，王世充的做法，就一个字：杀！在王世充的字典里，只有死人才不会构成任何威胁。这种做法，无疑让王世充一步步沦入孤家寡人的地步，也让依附于王世充的瓦岗旧将，彻底寒了心，对他更是不抱任何幻想。
由于王世充推行铁血政策，大肆屠杀瓦岗降将以及隋室忠臣，致使洛阳政权人心丧尽，有的只不过是粉饰太平罢了。这样一来，使得李唐王朝看到了希望，趁着王世充郑国内部离心离德，大举进攻洛阳，或许可以一战摧毁王世充政权，甚至还会定鼎中原，实现天下一统。看来，历史选择了大唐王朝。
其实，在这段时期内，王世充阵营内部，就出现了分崩离析的信号。不少军事将领，看到王世充倒行逆施，纷纷改旗易帜，归顺唐朝。许多将领的不断离去，对王世充的打击是沉重的。
早在王世充称帝之前，就有两位重量级别的大将，最先以身为范，脱离了王世充阵营，投向李唐王朝的怀抱。这两员大将的投奔，于唐军而言，可谓如虎添翼。他们不是别人，正是赫赫有名的瓦岗大将——秦琼、程咬金。
秦琼和程咬金二人，在瓦岗军中，就是勇冠三军，战功赫赫的骁将。北邙山兵败之际，与众多瓦岗将领一样，秦琼、程咬金也被王世充俘获。由于这两人是数一数二的悍将，王世充对他们很是看重，遂拜秦琼为龙骧大将军，程咬金为将军，希望通过高官厚禄，收买秦琼、程咬金。
不过，王世充想错了，秦琼、程咬金可不是那种贪图富贵之人，区区名利，根本收买不了这两位当世英豪。他们看得出来，王世充为人阴险狡诈，心胸狭窄，绝不是可以效忠的明主。故而，二人经常私下秘密商议，如何逃出王世充的监视，投奔瓦岗众将云集的大唐朝廷。其实，最先发现王世充不是明主的，还真不是秦琼，而是程咬金。程咬金对秦琼这样说道：
世充器度浅狭，而多妄语，好为咒誓，乃巫师老妪耳，岂是拨乱主乎？ (《旧唐·程知节传》)
听了程咬金的一番话，秦琼深以为然，王世充绝非拨乱反正，匡复天下的明主。遍观天下群雄，最有希望终结乱世的，当属李渊父子建立的唐朝。于是，秦琼、程咬金一拍即合，决定找机会逃离洛阳，投奔唐朝。问题是，王世充的监视极严，若想脱身，谈何容易。怎么办呢？秦琼、程咬金想了一招。
武德二年(619年)二月，王世充进犯穀州，与唐军对阵于九曲。正好，秦琼、程咬金当时一起跟随王世充，带兵出征。他们觉得，机会来了，趁着王世充与唐军对峙，自顾不暇之际，突然阵前倒戈，投奔唐朝。与其偷偷摸摸地逃离洛阳，倒不如光明正大地从两军阵前而走。这样，反而降低了风险程度。
紧接着，秦琼、程咬金带领着数十名骑兵，策马向西疾驰数百步。等完全脱离王世充视线范围后，秦琼、程咬金翻身下马，朝着王世充的方向，郑重地作揖行礼，然后说了这样一番话：
仆荷公殊礼，深思报效；公性猜忌，喜信谗言，非仆托身之所，今不能仰事，请从此辞。 (《资治通鉴》)
说完，秦琼、程咬金两员大将，跃马而上，光明正大地直奔唐营而去。目睹秦琼、程咬金的阵前倒戈，王世充也是无可奈何，害怕唐军趁势出击，只能眼睁睁地看重秦琼、程咬金奔向唐营。
秦琼、程咬金的归顺，令唐高祖李渊非常高兴。谁都知道，这两位是闻名天下的瓦岗英雄。现在，他们加入唐军，李唐军队平添两员虎将。因此，唐高祖便将秦琼、程咬金安排到秦王李世民麾下，让他们在李世民帐下效力。
李世民素闻两位英雄的威名，在秦琼、程咬金投效以来，格外重视，拜为马军总管，统领唐军骑兵部队。不久，秦琼、程咬金二人，又被分别授予秦王府右三统军、左三统军等重要军职。从此，秦琼、程咬金跟随李世民，南征北战，为唐王朝立下了盖世功勋，成为大唐的开国名将，位列“凌烟阁二十四功臣”。
值得一提的是，秦琼、程咬金归顺唐朝，效力于李世民帐下之后，便加入到了李世民麾下的一支特种部队——“玄甲军”。这支玄甲军，是隶属于秦王李世民的一支护卫亲军，是唐军部队中战斗力最强的王牌劲旅。
之所以称之为“玄甲军”，是因为这支军队的唐军骑兵，全部身披黑色盔甲，故称“玄甲”。众所周知，李唐建立初期，唐军将士的铠甲，抛弃了魏晋时期的具装铠，而是采用以明光铠为代表的唐十三铠。这种明光铠，是一种典型的板式铠甲，它的最大益处是，防护功能与实用功能极好。
李世民本人非常看重骑兵，唐朝建国后，李世民专门在唐军中挑选了一千余名精锐骑兵，在此基础上，组建了“玄甲军”。所以，玄甲军属于李世民旗下的一支重型骑兵，其作用和威力，有点类似于后来西夏的“铁鹞子军”、金国的“铁浮屠”和“拐子马”、明末袁崇焕的“关宁铁骑”。
在李世民的精心操练下，玄甲军战斗力之强，无人可敌。可以说，玄甲军是李世民赖以战场称雄的第一强军。譬如，攻打洛阳的关键战役——“虎牢关之战”，李世民仅仅凭借3500玄甲军，在虎牢关一战，大破窦建德的十万夏军，创造了人类战争史上一个以少胜多的经典战役。
那么，玄甲军的战斗力究竟有多强？举一个例子，即可说明。隋末唐初，中原军队士兵的弓箭射程，一般最远可以射到100到120步左右。突厥骑兵精于骑射，最远可以射到150到160步。而李世民的玄甲军，他们的弓箭射程，则能射到200步左右，这在当时都是极其罕见的战力。
玄甲军的兵力人数，其实不是很多，总共也就数千人左右。李世民将数千玄甲军，分成左、右两队，由秦琼、程咬金、尉迟敬德、翟长孙等将领，各领一部玄甲军。每次大战，李世民亲率玄甲军，充当前锋，深入敌阵，从敌军的侧翼突击、袭杀，以及正面冲杀，力破千军，所向披靡，令敌军闻风丧胆：
秦王世民选精锐千馀骑，皆皁衣玄甲，分为左右队，使秦叔宝、程知节、尉迟敬德、翟长孙分将之。每战，世民亲被玄甲帅之为前锋，乘机进击，所向无不摧破，敌人畏之。 (《资治通鉴》)
归顺唐朝没多久，秦琼就用实际行动，向唐廷证明了自己的能力，为唐王朝立下一功。武德二年(619年)十二月，奉秦王李世民之命，秦琼与殷开山率领偏师，突袭美良川，大破尉迟敬德，斩首两千余级。之后，秦琼又跟随李世民一路追击，犁庭扫穴，参加了介休决战，一举击灭宋金刚残部，战功赫赫。
因为秦琼的出色表现，高祖赏赐其黄金百斤、杂彩六千段，授上柱国之衔。并且，美良川之战大胜后，唐高祖李渊专门派遣使者，赐给秦琼一个精致的金瓶，还特意勉励、慰劳他说：
卿不顾妻子，远来投我，又立功效。朕肉可为卿用者，当割以赐卿，况子女玉帛乎？卿当勉之。 (《旧唐·秦叔宝传》)
此外，秦琼秦叔宝的善战之名，在唐军之中也是出了名的。每次，李世民率军与敌作战。但凡遇到敌军中出现骁勇善战的大将，在唐营外耀武扬威，揽战挑衅，李世民总是派秦琼出营迎战。秦琼武艺超群，绝不是浪得虚名。接到命令后，秦琼纵马挺枪，必将对方敌将斩于军前。由此，秦琼在军中声威大振：
叔宝每从太宗征伐，敌中有骁将锐卒，炫耀人马，出入来去者，太宗颇怒之，辄命叔宝往取。叔宝应命，跃马负枪而进，必刺之万众之中，人马辟易，太宗以是益重之，叔宝亦以此颇自矜尚。 (《旧唐·秦叔宝传》)
果然，秦琼、程咬金归顺唐朝，犹如多骨诺米牌，在洛阳的瓦岗旧将中，立刻引起轩然大波。随后，一个又一个的瓦岗降将，接二连三地归顺唐朝。秦琼、程咬金归唐不久，王世充手下的两员骁将李君羡、田留安，也率部投唐，归到李世民旗下。李世民对这二人亦是委以重任，授予李君羡轻车都尉，置之左右，田留安为秦王府右四统军。
很快，受秦琼、程咬金等瓦岗袍泽的影响下，又有一位瓦岗军的无敌悍将，加入到了唐军的队伍之中。这位悍将，就是瓦岗军中出了名的少年英雄——罗士信。这时，他也归顺了李唐王朝。
罗士信年少从军，十四岁应征入伍，与秦琼共同在隋军名将张须陀麾下效力。在镇压长白山一带农民起义的战争中，罗士信作战勇猛，立功无数。并且，罗士信武艺高强，孔武有力，于百万军中取上将首级，如探囊取物。比如，《旧唐·罗士信传》有一个故事，足可看出罗士信举世无双的武艺：
击贼潍水之上。阵才列，士信驰至贼所，刺倒数人，斩一人首，掷于空中，用枪承之，戴以略阵。
有一次，张须陀率军击贼于潍水。刚刚摆开阵形，罗士信策马横枪，径直冲入贼军阵中。只见，罗士信手执一把大枪，连续刺倒数人，又斩下一人首级。紧接着，罗士信将首级往半空一抛，待首级落下之时，又用手中长枪稳稳接住。然后，罗士信在敌阵中来去自如。贼军一时愕然，不敢上前，张须陀趁势反攻，大破贼兵。
后来，张须陀阵亡大海寺后，罗士信与裴仁基、秦琼等人，一起投奔瓦岗军。北邙山兵败时，罗士信奋勇当先，拼死突围，结果身中数箭，伤重被俘。罗士信被俘后，王世充十分欣赏他的骁勇，对其很是优待，甚至还和他“与同寝食”。没想到，罗士信毫不领情，并没有被王世充的小恩小惠所收买。
当时，瓦岗叛徒邴元真，前来向王世充投降，王世充拜其为将军。这个邴元真不是别人，正是当初李密走投无路，将洛口仓献给王世充的无耻叛徒。现在，此等小人前来投奔，王世充却加以重用。可想而知，罗士信非常义愤填膺，自己堂堂一个征战沙场的血性男儿，岂能与这种小人为伍？