在铁鹰战团还在整理军备的同时，联邦新编第一舰队集结了三十艘护卫舰、二十艘驱逐舰、五艘轻巡、两艘巡洋舰、一艘战巡，开始对反抗军的领地发起了进攻。原本升级战舰以后联邦对于这次突袭信心满满，然后打着打着发现不对劲啊，反抗军战舰都感觉不一样了，虽然说体型上变化不大，但是武器和防御能力更强了，原本估算的战损是一比十，打了半天一统计变一比五了，之前船没升级打还有一比六来着。
反抗军的一支小队六艘战舰会集火一艘战舰，一轮高爆导弹过载护盾以后再交给另一支小队来攻击，这样分工明确的战术不能说百分百，只能说是很像虫族但又不是虫族。虫族的战舰一般会有很强烈的超能力波动，但是反抗军的没有，反抗军的护盾更像是弱化版的中期场。
然后参谋部把卡尔和武器部那帮人喊去一顿分析，然后根据残骸分析得出的结果是高度智能化战舰，需要的船员非常少，太空碎片中找到了一具电路损坏的机器人机体，得出的结论是反抗军已经破解了工程机器人的关键技术。
在歼灭了驻守这个星系的防御舰队以后，舰队留下几艘大残和半残的继续修复和抢救人员，其余的战舰开始清理最近星球上的战舰生产基地。
每一个战舰生产基地都由一大片悬浮的建筑群组成，一个小型的生产基地一般由一座大型的舰桥、十几座小行星矿机、一座舰队港口、一座舰船工厂、一座制造车间、一座武器研究实验室和十几座防御炮台组成，自给自足。舰船工厂里科技含量越低的战舰生产速度越快，还有配套的武器研究室和制造车间。一颗星球的轨道上往往有二十几座生产基地，还拥有自卫能力，反抗军用这些基地代替了轨道防御系统。这样极具功能性，性价比也会比普通的轨道防御系统低好多。
舰队对这些烦人的生产基地开始了远程打击，这些生产基地往往会消耗许多的弹药，有时候还会被防御炮台打伤好几艘战舰。一座生产基地需要二十多分钟甚至是半个小时的火力覆盖才能清理完成，清理完一座以后还有二十座基地等着清理，等到清理完成以后，舰队携带的弹药也快要打完了。
舰队在指挥的一名中将了解了情况以后只能下令撤退，撤退之前上面还下了一道命令，投放基因（生命）灭绝者，联邦已经没有多余的时间去慢慢清理这些反抗的星球了。
虽然这一做法十分残忍，但是对于反抗军来说，这无疑是最好的打击。就像地球上某次内战一样，你跟我在家门口玩玉碎，我就直接在你家本土玩烤肉。
在联邦舰队撤离后，反抗军舰队开始侦察那颗被施行灭绝的星球，最后把这一结果上报给了反抗军高层。反抗军高层在得知联邦投放生命灭绝者以后，一个个破口大骂但也无可奈何，只能眼睁睁看着这颗星球丧失生机。
看到这次作战效率显着的联邦在对以后的反抗军星球的作战中，都不会大规模的派遣登陆部队进行地面作战，反而是直接使用生命灭绝者对其进行打击。
不得不承认的是，反抗军的地面部队战斗力惊人，有时候甚至能和机动步兵打出一比二的战绩，在庞杂的抚恤金和军备支出以后，联邦发现其作战成本远高于一颗生命灭绝者。
在之后的道德谴责中，反抗军对此事表示极大的反对，但是反抗军有了生化武器的先例，而且在联邦掌握了明确的证据后，公民对于使用生化武器的支持率罕见的达到了百分之九十五。
其中好一部分公民是阵亡士兵的家属，对于那些表示反对的都被请去喝茶了，其中抓到了好一些投机倒把和浑水摸鱼的人，然后联邦的处死记录又突破新高。