人类的足迹在十五世纪的航海时代伊始，逐渐遍布世界各地，整个世界联系成为了一个整体，一个新的时代-开启，随着蒸汽时代的来临，第一次工业革命再一次刷新了“黑灵”对人类发展实力的总体预估。经历过第二次工业革命以及第三次第四次科技革命之后，人类实现了一个巨大的飞跃。
但这与“黑灵”所预期的还相差甚远，不过它们看到了人类发展的巨大潜力，它们选择了继续等待，等待着一个合适的时机，同时，在数千年的蛰伏之中，它们也在不断地将自身的明水平向前发展着。
直到2092年，人类探险者陈天对深渊的探索大大出乎了它们的预料，由于此前人类所能达到的最深的海洋深度不过一万五千米，在“黑灵”对人类的科技发展预估中，人类至少还需要五十年左右的时间，才能具有抵达深渊之底的可能性。但陈天的出现却完全打破了这一预估，在仓促没有防备的情况下，深渊建筑被陈天所发现，整个过程“黑灵”处于一种极为被动的局面，深渊要塞的防御系统已经有数千万年没有启用，再度开启耗费了过多的时间，当防御系统重新启动的时候，陈天已经完成了对深渊建筑的探索，并安然离开。
“黑灵”统治者们立马对这一情况所有可能造成的后果进行了相应的预估，当十年之后陈天公开向世界宣布自己再一次的潜海行动时，它们明白深渊建筑的暴露已经成了必然的事实，为了防止发生变故，在迫不得已的情况下，“黑灵”最终选择了在人类明发展程度还未达到自身所期盼的高度的情况下，提前向人类世界进行大规模的渗透。
它们首先利用深渊建筑的强大的引力将人类的这位先驱死死困在了深海之中，而后，在陈天的尸体中提取出基因，将之转移到“黑灵”克隆体身上，重新塑造出了属于它们阵营的探险者“陈天”，并乘坐原主人的潜水器返回到人类世界中，公布先进的潜海技术并大肆宣扬深渊建筑的信息，引发各国政府对马里亚纳海沟这片神秘海域的积极探索。
各国政府先后派遣出了数千人的考察队对这片所谓的遗址建筑进行了考察。
所有的人都没能再回到海面上，“黑灵”在对这些外来者进行了全面的基因锁解析之后，对他们所有人的存在进行了取代，新生的“人类”生命携带着“黑灵”所塑造出的资料与件，以及一些可透露的科技成果回到了人类世界，并开始在人类世界潜伏下来。
为了在一定程度上推动世界的重建计划，“黑灵”将一份等级较高的件交给了其中的部分感染者，他们的前身都是人类世界的著名科学家。
在其后的二十年中，这些潜伏在人类世界各个角落的感染者开始对一些重要国家的领导人或者领导集团进行了不同程度的刺杀，并利用携带出深渊的大量克隆体，取代了他们的存在，同时，积极向人类世界宣传遗址建筑为人类发展带来的推动与便利。
二十年的积极渗透，使得感染者逐渐巩固了对当时世界上大部分国家政权的领导，在原定计划的安排下，通过从深渊建筑中所带出的那份高等级的资料，他们最终发出号召，联合起了世界上的几乎所有的人类政权，最终在人类纪元的2122年，开启实施了在后来为大部分人类都共同赞叹与自豪的计划，“星球大厦”计划。
计划的主导者全由“黑灵”阵营一方的感染者组成，其资料的核心机密始终掌握在感染者手中，没有一个人类能够真正去接触了解计划内容中所包含的科技成分，通过调动人类世界的大部分资源与人力，耗时一百年，“黑灵”最终完成了这项浩大的工程，自此，对地球的重建计划已经基本达到了预期。由于大厦系统在“黑灵”的建造历史上也属于首例，因此“黑灵”决定利用；两百年左右的时间对整个大厦系统的性能进行各方面的检验，并对其中的缺陷部分进行弥补，为了防止后来者发现这其中的异常，潜伏在人类世界中的感染者们删除了所有关于2102年其后二十年的历史，并对2122年之后的历史发展记录进行了大篇幅的修改，在其后的二百年时间里，这些感染者们不断地延续着自身在人类世界的势力与根基，为将来整个明重见天日做了充足的准备。
事实上，对于人类而言，“星球大厦”计划，是一个彻头彻尾的惊天阴谋，这并不是什么天堂，而只是以华丽外表掩饰自己的一个巨大的陷阱，一个牢不可破的囚笼，人类在这个囚笼之中，却浑然不自知。
为防止人类对系统起疑，整个大厦系统的核心控制权力被暂时交接到其后时期里人类政府的最高执政者手中，但“黑灵”却为自己保留了更为强大的控制权力，一旦它们认为时机成熟，便会毫不犹豫地从人类手中夺回对大厦系统的全部掌控权。同时，由于大厦系统内部良好的监测性能，使得“黑灵”得以更为全面直接地监视到生存在地面上的人类的一举一动，人类的重大行动，都会准确地被“黑灵”明所掌握，可以说，在系统建成的其后两百年时间里，人类再也没有脱离“黑灵”对他们的暗中控制。
大厦系统除了对人类有着监视的作用之外，另一个关键的功能就是在于对人类明科技发展的遏制，在大厦系统建成后的两百年时间里，人类明几乎可以说是止步不前，这不仅仅是因为大厦系统本身的优越性与超前性，更是因为大厦系统利用其系统的功能对人类精神上的极大影响，每一个人类自出生伊始大厦系统都会向其大脑中导入相应的性格数据，导致了多数人类从出生开始就注定了安逸的性格，即使是在其后成长的过程中性格数据随着自身所处的环境而发生变化，但因为一开始的设置使然，使得几乎是每一位人类最终都无法脱离这个设置的干扰，这两百年的时间里吗，人类世界还是有数量众多的科学研究者，但都无法逃脱前人的研究成果，只能在其基础之上进行着不断的完善与改进。
两百年的等待很快迎来了属于“黑灵”的曙光，在各方面都对大厦系统有了全面的了解以及更为熟练地掌控之后，“黑灵”开始按照原定计划开始实施对人类群体内部的大规模渗透，由于原本潜伏在人类之中的感染者数量就有一定规模，这些感染者在大厦系统的指引下有意识地配合着“黑灵”的几乎每一次的复制行动，除了在后来的6区上海感染事件中所出现的变故，由于基因锁的突然性排斥，导致了原本已经潜伏许久的“黑灵”与被复制体的身体起了严重的冲突，导致了“黑灵”与宿主的双双死亡，死亡区域因为是在东方明珠塔附近，属于极为繁华的地段，“黑灵”没有足够的时间来掩盖此次事件，巧合的是，基因锁排斥事件在f层的另外几个不同辖区几乎在同个时间段一起发生，最终使得人类警方的介入，尽管在随后启动大厦系统抹去了一切有关于此次事件的一切资料，但既定的事实还是给人类以及联合政府造成了极大的影响与震动。
在其后“黑灵”内部对于这次事件的调查之中，最终没有得出导致事件发生的必然结论，或许是机缘巧合，“黑灵”在人类世界中终究还是留下了一点淡漠的脚印，尽管人类还不能看清脚印的幕后者，但似乎在联合政府内部高层已经嗅到了些许的不安定的气息。为了转移人类政府在此方面的注意力，“黑灵”借着此次事件所引发的一系列民众的抗议示威活动中，开始利用感染者掺杂在示威群体中，不断地进行煽动，使场面超出政府的控制。
为了进一步加快人类内部矛盾的爆发，在一次声势浩大的示威游行中，一位潜伏在人类部队中的军警假借走火的失误，刻意向民众中进行了所谓的“误伤”，从而一度引发场面的混乱，严重激化了当地民众与政府的矛盾，感染者趁机从中擀旋，最终导致了以陈岳鹏少校为首的反-政府军的武装起义，在接下来的几个月的时间里，反-政府军与联合政府的军队激战而不可开交，“黑灵”趁机在人类群体中大肆发展自己的势力，将感染者人数进一步扩大，感染者逐渐在人类群体中站稳了脚跟，在确认其势力已经足以应对人类政府的反击的情况下，为了使人类内部产生更为严重的内讧，“黑灵”明开始有意地向人类政府暴露自己的存在，但却又不使其获得的情报足够准确与明显，同时又利用着舆论向大厦系统中的民众开始有意无意地透露着政府所隐瞒着的事物，在加剧社会恐慌的同时，进一步削弱政府在民众心中的威信。
但这么长的时间里，唯一令“黑灵”明放心不下的就是当年人类最早的探险者陈天在第一次潜海行动结束返回地面后向人类政府提交的三份报告，尽管他只得到了一个国家的支持，但在他长年累月不懈的研究突破之后，他所研制成功的超大规模武器——星空战舰还是令这个高度发达的明感到了压迫感。