随着王允、吕布成功地诛杀董卓，位于长安的东汉朝廷总算结束了董卓乱政时期的混乱，得到了暂时的安定，朝政大权也从董卓的手里转入了王允、吕布的手里，王允俨然成为百官之首、天子之下的第一臣，吕布俨然成为武将之魁、天下汉军的最高指挥官，不过，这只是在名义上的，被王允、吕布把持掌控的天子和长安朝廷的实际控制地区只是以长安为核心的关中地区，即司州西部、凉州东部等，除此之外，天下十分之九的地区已经陷入了诸侯并起、群雄割据、军阀混战的状态中。王允、吕布在铲除董卓、把持朝政后为竖威施恩，拉拢天下诸侯，特地以天子的名义对各路诸侯大加封赏了一通，特别是在讨董之战中表现突出、立功较大的。王允和十八路诸侯都是反董的，堪称属于同一战线，王允十分乐意做一个顺水人情：
加封袁绍为冀州牧、大将军——王允此举是代表东汉朝廷默认袁绍吞并、割据冀州之举，给了袁绍一个正式的政治名分；
加封袁术为骠骑将军（原骠骑将军是卢植，现已辞官）、扬州九江郡太守；
加封曹操为司隶校尉、车骑将军（原车骑将军是何苗，已死；另，皇甫嵩是左车骑将军，朱儁是右车骑将军，二人现俱已辞官）；
加封刘表为荆州牧、前将军（刘表原为荆州刺史）；
加封公孙瓒为幽州刺史、后将军（幽州牧是刘虞）；
加封陶谦为徐州牧（陶谦原为徐州刺史）；
加封孙坚为豫州刺史（原豫州刺史孔伷现已病逝）、卫将军；
加封韩遂为凉州刺史，加封马腾为左将军——王允此举是安抚韩遂和马腾，让他们不要再攻打属于长安朝廷实际控制地区的凉州东部了，毕竟，韩马二人以前攻打凉州东部是打着讨伐国贼董卓的大义旗号的，如今，董卓已死，韩马二人自然没有正当理由攻打凉州东部了；
加封孔融为青州牧（孔融原为青州刺史）、右将军、鲁侯，同时批准把泰安郡（泰山郡）划出兖州，划入青州，使得青州六郡增为青州七郡——王允此举是对孔融投桃报李。在政治法理上，孔明可以割据青州和鲁国，但他占据属于兖州的泰安郡（泰山郡）是“非法”的（孔明必须占据泰安郡，否则青州和鲁国就要被分隔开来），王允顺水推舟，把泰安郡（泰山郡）从兖州划入了青州，归入孔融治下领地，使得孔明从此便能名正言顺地拥有泰安郡（泰山郡）。
另外，孔融从青州刺史变成青州牧，权力得到了进一步的扩大，青州刺史在法理上只能掌握青州的政权，青州牧在法理上则能掌握青州的军政两大权，可以名正言顺地“割据一州、拥兵自重”，拥有在州内自由任免各级官吏的权限。
一时间，各路诸侯纷纷欢喜不已，众诸侯与长安朝廷的关系得到了极大的改善，双方“相敬如宾”。长安朝廷在正统名分上仍是天下共主，受到各路诸侯的承认和在名义上的尊奉（如果不承认长安朝廷，自然就没法戴上长安朝廷送来的官帽），从而偏安一隅地坐享关中地区，至于关东各路诸侯，袁绍、袁术、曹操、韩遂、马腾、公孙瓒、公孙度、刘虞、刘繇、刘岱、刘焉、刘表、刘宠、孙坚…尽皆在忙着争抢地盘、扩充实力。除了关中地区，天下一片混乱。此局势，极其酷似东周末年——周天子在名义上是天下共主，但周天子真正控制的地盘只占天下的一小部分，天下绝大部分地区被春秋五霸、战国七雄互相分割占据并且互相攻伐不休，如今的汉天子也是如此。
孔明没有像别路诸侯那样急不可耐地争抢地盘，拥有青州七郡（齐、济南、北海、平原、乐安、东莱、泰安）和鲁国，他已经十分满足了，这倒不是因为他“小富即安”或没有大志，而是因为他知道：抢地盘容易，治地盘难。青鲁二地合计86个县、约10万平方公里的土地、超过600万人口，需要对其进行精心治理、经营、建设、发展、开发。正所谓“贪多嚼不烂”，孔明接下来要把精力投入治理青鲁二地，而不是争抢更多的地盘。
青州牧是孔明的爹孔融，鲁国相是孔明的三伯孔谦，鲁县令是孔明自己，毫不夸张地说，青鲁二地完全就是孔家的，虽然这种人事安排带着浓浓的“任人唯亲”和“家天下”的味道，但此况也有好处：十分便于孔明做事。孔融也好，孔谦也好，还有孔明，都是孔家人，自然一家人一条心，不存在什么勾心斗角、派系纷争；另一方面，几年下来，不但孔明的部下们对他死心塌地、敬若天神，就连孔融、孔谦等孔明的家中长辈也对他“敬畏有加”，可以说，孔明一发话，孔融、孔谦等孔家长辈都会服从。说到底，孔融能先后当上青州刺史、青州牧、右将军以及被封为鲁侯都是托了孔明的福。
孔明第一个治理的自然是军队。
孔明的军队已经从“鲁军”升级为“齐鲁军”（青州为“齐”，鲁国为“鲁”），军士人数也从2万余人扩增至6万余人，其中，步兵约.5万人，骑兵约1万人，水兵约5000人（主要在黄河上、近岸海域内活动）。为了进一步地加强齐鲁军的正规化建设，孔明毫不犹豫地把后世的那套先进的军事编制用在了此时的齐鲁军的身上，齐鲁军以“营”为基本战术部队：
十名军士为一班，班内设正副班长各一人；
三班为一排，排内设正副排长各一人，一排合计三十多名军士；
三排为一连，连内设正副连长各一人，一连合计一百多名军士；
三连为一营，营内设正副营长各一人，同时设营部卫兵连、营部军事参谋若干名，一营合计五百多名军士（有的加强营可以达到一千名左右军士）；
比“营”更大的是“团”，几个营为一团，团内设正副团长各一人，同时设团部卫队营、团部军事参谋若干名；
比“团”更大的是“旅”，几个团为一旅，旅内设正副旅长各一人，同时设旅部卫队营、旅部军事参谋若干名。
在孔明“高瞻远瞩的指导”下，齐鲁军已经有了科学的兵种划分。其实，兵种这个概念不只是出现在后世的现代军队，古代中外军队也分兵种，这是客观发展的必然结果，只不过，古代军队不像现代军队那样有完整而严格的军种兵种划分，随着作战武器、作战方式、作战地域的变化才逐渐地分离出一些专业化的部队，具有一定的兵种性质。一般而言，华夏古代军队就单单只是“陆军”，没有“海军”（更加没有空军了），虽然设有“水军”，但水军也是陆军的一部分，在兵种上，普遍地分为四大兵种：车兵（驾驶战车冲阵作战的兵种）、步兵、骑兵、水兵。从秦末开始，车兵逐渐地消亡，此时已基本消失，只剩下步、骑、水三大兵种，就是俗称的“三军”，同时，华夏古代军队主要不是按兵种进行编制和指挥的，也从未形成陆海并列的两大军种体系。三大兵种又被继续细分，比如步兵分为轻步兵、重步兵、弓弩手、刀斧手、刀盾兵、剑盾兵、盾牌兵、长矛兵、长枪兵、器械兵（展开攻城时负责使用抛石机、云梯、箭楼、重盾等重型器械的兵种）等；骑兵分为轻骑兵、重骑兵、骑射兵等；水兵分为普通水兵（包括水手、瞭望手、攻击手、操舵手等）、特殊水兵（潜水蛙人）等。孔明此时做的就是根据实际情况结合他的超前思想，对日益强大的齐鲁军进行现代化编制、兵种改革。
齐鲁军的兵种被划分为步兵、骑兵、水兵；
步兵包括：刀盾兵（持环首刀和圆面的单兵盾）、盾牌兵（操纵重盾）、长矛兵（持长矛）、长戟兵（持长戟）、弓弩手（持弓、弩）、钩镶兵（持钩镶）、器械兵（操控攻城器械等大型器械，类似于后世的工兵），另有重步兵（重装步兵）等少数的特殊步兵；
骑兵包括：轻骑兵（轻装骑兵）、重骑兵（重装骑兵）、骑射兵（持弓弩作战的骑兵）等；
水兵包括：水手、瞭望手、攻击手（船上弓弩手、长矛兵、长戟兵等）、操舵手、潜水蛙人等；
齐鲁军以“营”为基本战术部队，这个定义的意思是：在同一个营内，尽是相同的兵种，比如，刀盾营尽是刀盾兵，弓弩营尽是弓弩手。把不同的营进行合理的搭配调度，组成“团”。
根据职责不同，齐鲁军的“营”可划分为：步兵营、骑兵营、水兵营、弓弩营、盾牌营、长矛营、长戟营、钩镶营、器械营、运输营、医护营、通信营等。
齐鲁军的总指挥自然是青州牧、右将军、鲁侯孔融，副总指挥不是宗宝，而是宗宝兄长宗员。宗员原是卢植副将，得知老长官卢植弃官来到鲁国，加上他艳羡鲁军的强盛和在讨董之战中的赫赫武威，因此跟随卢植一起前来投奔了齐鲁军。宗员已被朝廷加封为“骁骑将军”，宗宝则已被朝廷加封为“游击将军”——所谓的“骁骑将军”和“游击将军”都是杂号将军，此时的军职级别由高到低依次是：大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军、四方将军（前后左右将军）、四征将军（征东西南北将军）、四镇将军（镇东西南北将军）、四安将军（安东西南北将军）、四平将军（平东西南北将军）、杂号将军、偏将军、裨将军和中郎将、校尉、都尉。
齐鲁军里，军职级别最高的自然是右将军孔融，接下来便是宗员、宗宝这两个杂号将军，再接下来就是一堆的校尉、都尉。武安国、典韦、太史慈、臧霸、褚燕、管亥、臧洪、管承等将都被封为校尉或都尉。
拥有6万余兵力的齐鲁军被划分为8个旅（每旅人数不同，人数最少的旅只下辖1个团，人数最多的旅则下辖3个团），由宗员、武安国、太史慈、臧霸、褚燕、管亥、臧洪、管承分别担任旅长（管承的第八旅正是齐鲁军的水兵部队即“水师”），典韦不单独领军，他仍然担任孔明的保镖头子。孔明现在有一个卫兵营，营长便是典韦。
齐鲁军的现役兵员人数是6万余，但孔明能出动的兵力远不止6万余人，因为他建立了预备役体系。青鲁二地合计86个县，每县根据本县人口总量按照一定比例建立“民兵部队”，挑选青壮年男丁实行“半民半兵”原则，忙时劳作，闲时军训，教官由退伍的伤残老兵担任。这些民兵虽然不像正规军官兵那样终日训练，毕竟他们还需要日常劳作，但他们接受了完善正规系统的军事训练，就是合格的预备役兵员，一旦正规军出现减员，民兵被补充进正规军，如此，自然大大地好过临时抱佛脚地征集新兵壮丁，使得正规军的兵员素质得到良好的保证。
该政策被施行后，报名者众多，除了保家卫国的朴素思想促使外，孔明给予的优厚待遇也是吸引众多青壮年男丁报名的主要原因。当上民兵的青壮年男丁都能得到正规军士兵大约一半的军饷，说白了，一个青壮年男丁如果一门心思地种田耕地，他的收入就只有来自种田耕地，但他如果报名参加民兵，在种田耕地闲暇时接受军事训练，就会额外得到正规军士兵大约一半的军饷，从而在种田耕地之外增加一笔收入。
青鲁二地一共86个县一共成立了86个民兵队，有的民兵队因为该县人口多，所以拥有二三千名民兵，有的民兵队因为该县人口少，只有几百名民兵，86个民兵队一共近9万名民兵。把正规军和民兵包括在内，孔明能出动的兵力达到约15万人，这是一个很大的数字。
孔融这个“青州牧”既掌握着青州的政务大权也掌握着青州的军事大权，但自他以下（除了孔明），青鲁二地各级将官都是“军政分家”，管军的专门管军，管政的专门管政，不存在某人又管军又管政，不存在某个旅长同时还是某郡太守、某个太守同时还是某旅旅长的情况，从而杜绝青鲁二地内部产生军政一体的小派系。——这个规定自然也是孔明制定的，很有效。